POP3 - это протокол, предназначенный для приема почты, с кодировками он никак не связан (протокол отправки - SMTP). Дальше есть формат писем MIME (HTML) и формат текстовый. Эти настройки уже указываются в почтовом клиенте (аутлук например). К каждому типу в том же аутлуке можно выбрать кодировку, но вот я что-то не заметил там привычных cp1251 и UTF-8, там чуточку по-другому.

А при просмотре каждого письма Вы уже можете выбрать кодировку отображаемого сообщения через меню. Эта кодировка указывается при отправке письма, то есть настройки надо смотреть тому, кто их вам присылает. А вам остается лишь подстраиваться)

А вообще, попробуйте клиент The Bat, он более гибок в этом плане.

Иле Thunderbird

да, есть